Med rastlinami si posebno naravovarstveno pozornost zaslužijo vrste iz t.i. "rdečega seznama". Glede na seznam ogroženih praprotnic in semenk Slovenije iz leta 1989 (Wraber&Skoberne, 1989) je v parku 7 takih vrst, glede na Pravilnik o uvrstitvi ogroženih rastlinskih in živalskih vrst v rdeči seznam (Ul. RS 82/02) je teh vrst celo več kot 70!

Kar nekaj vrst je bilo prvič opisanih za določeno fitogeografsko območje prav na podlagi raziskav v Kozjanskem parku (Jogan, 1995). Močvirska kukavica, bavarska popkoresa, kranjska lilija, Jacquinov jetičnik, panonska detelja ali Shuttleworthov rogoz, že same po sebi kažejo na izreden preplet različnih tipov rastišč in rastlinskih združb. Poleg prevladujočih kalcifilnih vrst se v Kozjanskem parku nahajajo celo takšne, ki domujejo na sicer redkih silikatih (npr. francoska lepnica). Okoljski pogoji znotraj parka pa zelo variirajo: od senčnih in mokrotnih do suhih in sončnih.

S pospešenim raziskovanjem v zadnjih letih se v Kozjanskem parku odkrivajo nove in nove botanične zanimivosti - npr. relativna pogostnost travnolistne perunike in mnogih vrst kukavičevk. Slednje so na širšem območju Parka zastopane z več kot 30 vrstami. Pravi botanični biseri Kozjanskega parka so poleg prej omenjenih vrst še blagajev volčin, opojna zlatica, Clusijev in tržaški svišč, širokolistna in bodeča lobodika, kobulasti zelenček, jarica (raste tik ob upravi parka), visoki grint, panonska stoklasa, progasti vrbovec, navadna glota, navadni kosmatinec, močvirska grebenika, avrikelj, Hladnikov grintavec, kranjska bunika (f. hladnikiana)… Posebej velja izpostaviti vrstno zelo bogato združbo visokih suhih travnikov – združbo pokončne stoklase in srednjega trpotca, ki jo je v Sloveniji najti tudi še na območju Kozjanskega (Škornik, 1998).

Nekoliko podrobneje so predstavljene nekatere rastlinske vrste, ki so redke, ogrožene, oziroma značilne predstavnice različnih tipov rastišč. Tako najdemo med njimi plevele, gozdne vrste, vrste suhih travnikov, predalpske vrste, subpanonske vrste, vrste skal in skalnih razpok in vrste ekstenzivne kulturne krajine. S tem izborom  želimo prikazati mnogoterost in raznolikost tipov življenjskih prostorov v Kozjanskem parku:

	Blagajev volčin
	Kranjska lilija
	Mehkodalkavi pljučnik
	Piramidasti pilovec
	Jarica
	Bodeča lobodika
	Bavarska popkoresa
	Navadni kosmatinec
	Nuječev hrast